蛋白的酵母雙雜交實驗是以酵母的遺傳分析為基礎(chǔ)，研究蛋白間相互作用的一種有效技術(shù)手段。轉(zhuǎn)錄活化蛋白可以和DNA上特異的序列結(jié)合而啟動相應(yīng)基因的轉(zhuǎn)錄反應(yīng)。這種DNA結(jié)合與轉(zhuǎn)錄激活的功能是由其上兩個相互獨立的結(jié)構(gòu)域，即DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(Binding Domain, BD)和轉(zhuǎn)錄活化結(jié)構(gòu)域(Activation Domain,AD)共同完成的。

　　以Gal4系統(tǒng)為例，BD和AD分別由Gal4蛋白上不同的兩個結(jié)構(gòu)域(1-147aa與768-881aa)構(gòu)成。在利用GAL4系統(tǒng)篩選cDNA文庫或研究蛋白間的相互作用時，DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域與靶蛋白即"誘餌"相結(jié)合，轉(zhuǎn)錄活化結(jié)構(gòu)域與文庫蛋白或要驗證的蛋白相結(jié)合。一般情況下，單獨的BD可以與GAL4上游活化序列（GALUAS）結(jié)合但不能引起轉(zhuǎn)錄，單獨的AD則不能與GAL UAS結(jié)合；只有當BD與AD分別表達的融合蛋白由于相互作用而導(dǎo)致兩者在空間上相互靠近時，BD與AD才能與GAL UAS結(jié)合并且引起報道基因的轉(zhuǎn)錄，從而激活下游報告基因，通過這一系列實驗來驗證兩個蛋白之間的相互作用。